《孢子》范围宏观，从一个人、一个城市拉大到一个物种的产生。
玩家要先从数十亿年前的单细胞生物开始逐步向前发展，随着时间的推移逐渐进化成多细胞生物，再进一步发展大脑功能，最后产生群集生物，体验生命进化过程。
游戏分为五个阶段：细胞，生物，部落，文明，太空，每个阶段有其进度值，玩家把游戏进度条进行到顶即可进入到下一关。
太空阶段是最后一个阶段，是无限的，无法下一关。
细胞阶段：游戏起初的活动是一种自由模式很类似于《大鱼吃小鱼》、《派克人》等，在自然法则之下，依靠杀掉敌人并吃掉敌人来成长自己；
生物阶段：这个阶段感觉类似《暗黑破坏神》，强调角色的战斗和成长；
部族阶段：当角色的成长和发展达到令人满意的阶段，将放弃个体的控制转而成为新型的RTS界面；
文明阶段：己方玩家规划城市的建设和布局，当己方玩家的城市建成时，己方玩家可以通过缩放视角来查看。
开始寻找其它文明，通过战争或外交手段，最终的目的是征服整个星球；
太空阶段：统治整个星球之后，穿过浩瀚的宇宙侵略和扩张其它太阳系的文明。
侵略扩张阶段是十分开放的的。玩家可以侵略的文明，也可以在太空中冒险，这阶段类似《星际迷航》系列。
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